然而3年前的一次矿难让妮娜一家的生活彻底发生了变化，屠龙父亲在被困12天后侥幸逃过一劫，屠龙但却亲眼目睹了迪克的去世，从此一家人都远离矿井，告别了原来的生活。

一宗多年前的杀人案浮出水面，中字牵出一个在逃的杀手，中字六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别专门关押监犯的黑山监狱年久失修，黎明欲将监犯搬运，六扇门接到任务帮忙。

张一带着唐珂前往预备，屠龙不料监狱中临时关押的两个女犯却引来了一批奥秘杀手血洗铁牢，张一和唐珂无可奈何联合狱中监犯一起抗敌，等待救援……多年前一次失误，中字捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，黎明案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，黎明周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

神秘杀手杀死琴馆盲女，屠龙引出了逃亡在外的唐珂。危急时刻，中字玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。

追查中张一发现，黎明仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣

明朝中叶，屠龙皇帝怒查军粮亏空，钦定为空印案。前土木工程师麦坤（吴镇宇饰）因赌马失败失去一切，中字放手一搏准备其惊天大案。

黎明但不想一开始就因为杀人嫌疑被包伟雄关进大牢。本以为案件就此结束，屠龙麦坤的同伙竟公然在运送麦坤的途中截车救人

蒋浩华依线索调查狄克与卡先生团伙，中字不料引起对方连串报复，中字菲律宾警员比利遇害，对狄克的追捕也以失败告终，菲律宾警方无奈将蒋浩华驱逐，几乎与此同时，狄克与卡先生的矛盾公开化，蒋浩华不顾菲律宾警方的通缉，要与取代卡先生的狄克做最后了结。探员蒋浩华（甄子丹饰）因办案手段凌厉大胆常受上峰批评，黎明最近接到外派任务，黎明赴菲律宾接回证人苏权，由于苏权一案牵涉蒋浩华杀妻仇人狄克（张耀扬饰），蒋浩华严阵以待，但还是被狄克抢得先机。